| 通常営業における分岐駅 | レポートあり |
| 消滅した分岐駅 | 〃 |
| 熊本県 | ||||||
| 停車場名 | 分離形態 | 配線形態 | 線区名 | 備考 | 情報提供 | |
| 熊本 | 標準型 | 線路別・方向別 | JR九州：鹿児島本線 | JR九州：豊肥本線 | ||
| 宇土 |
標準型 | 方向別 | JR九州：鹿児島本線 | JR九州：三角線 | ||
| 八代 | 並走型 | 線路別・方向別 | JR九州：肥薩線 | 肥薩おれんじ鉄道線 | 立体交差 | |
| 人吉 | 共用型 | 線路別 | JR九州：肥薩線 | くま川鉄道：湯前線 | くま川鉄道：湯前線・相良藩願成寺付近で分岐 | |
| 北熊本 | 標準型 | 線路別 | 熊本電鉄：菊池線 | 熊本電鉄：藤崎線 | ||
| 辛島町 | 交差点型 | 熊本市交：幹線 | 熊本市交：上熊本線 | |||
| 大分県 | ||||||
| 停車場名 | 分離形態 | 配線形態 | 線区名 | 備考 | 情報提供 | |
| 大分 | 備考参照 | 方向別 | JR九州：日豊本線 | JR九州：久大本線 JR九州：豊肥本線 |
日豊・豊肥×久大は標準型 日豊×豊肥は並走型 |
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| 夜明 | 標準型 | 線路別 | JR九州：久大本線 | JR九州：日田彦山線 | ||
| 宮崎県 | ||||||
| 停車場名 | 分離形態 | 配線形態 | 線区名 | 備考 |
情報提供 | |
| 南宮崎 | 標準型 | 線路別 | JR九州：日豊本線 | JR九州：日南線 | ||
| 都城 | 標準型 | 方向別 | JR九州：日豊本線 | JR九州：吉都線 | ||
| 田吉 | 共用型 | 方向別 | JR九州：日南線 | JR九州：宮崎空港線 | ||
| 鹿児島県 | ||||||
| 停車場名 | 分離形態 | 配線形態 | 線区名 | 備考 |
情報提供 | |
| 鹿児島中央 | 標準型 | 線路別・方向別 | JR九州：鹿児島本線 | JR九州：指宿枕崎線 | ||
| 隼人 | 標準型 | 線路別 | JR九州：日豊本線 | JR九州：肥薩線 | ||
| 吉松 | 標準型 | 方向別 | JR九州：肥薩線 | JR九州：吉都線 | ||
| 高見馬場 | 交差点型 | 鹿児島市交：第一期線 | 鹿児島市交：第二期線 | |||
| 郡元 | 交差点型 | 鹿児島市交：谷山線 | 鹿児島市交：唐湊線 | |||
| 沖縄県 | ||||||
| 停車場名 | 分離形態 | 配線形態 | 線区名 | 備考 |
情報提供 | |